Karena banyak orang ingin belajar lebih banyak mengenai kekristenan Reformed dan bidang-bidang studi klasik (termasuk di dalamnya, bahasa Yunani, Latin, Ibrani, dan filsafat), pada tahun 1559 Calvin mendirikan sebuah kolese yang dinamakan Akademi Jenewa, mirip dengan sekolah terkenal di Strasbourg dimana ia sendiri pernah mengajar.

Sekolah itu merupakan salah satu kolese protestan pertama di dunia. Proyek ini menghabiskan waktu bertahun-tahun untuk selesai, pada satu waktu, kolese ini memilki lebih dari 1.600 murid. Ratusan dari mereka menjadi penginjil di berbagai negara. Banyak dari mereka mati sebagai martir. Calvin sendiri merupakan salah satu profesor theologi disana. Sejak itu, Jenewa menjadi pusat studi yang terkenal. Pada tahun 1872, Akademi Jenewa diresmikan sebagai universitas.

Pemimpin pertama dari kolese Calvin adalah Theodore Beza. Calvin dan Beza juga teman baik dan mulai berbagi banyak pekerjaan. Akhirnya Beza meneruskan pekerjaan Calvin setelah kematiannya. Beza mengumpulkan semua surat-surat Calvin dan menulis sebuah buku mengenai kehidupannya.

Kita tidak tahu banyak kehidupan keluarga Calvin karena tidak banyak tulisan mengenai dirinya sendiri. Kita tahu setidaknya dia menikah dengan Idellete dan memiliki satu anak, Jacques, yang lahir prematur dan meninggal dunia. Calvin menulis bahwa kematiannya terasa seperti luka yang begitu dalam dan menyakitkan. “Tetapi, (Allah) adalah Bapa kami,” , “Dia tahu apa yang terbaik bagi anak-anakNya.”

Idelette meninggal pada tanggal 29 Maret 1549. Calvin tinggal dengannya hingga akhir hayat hidupnya. Waktu yang begitu sulit bagi Calvin, dimana surat-suratnya menggambarkan kesedihan yang dalam dan kasih yang besar untuk istrinya. Dalam sebuah surat kepada temannya Pierre Viret, calvin mengatakan, “Saya telah kehilangan seorang pendamping terbaik dalam hidup saya”

Dalam kehidupan Calvin juga sulit. Selain kematian orang yang dikasihi dan banyaknya musuh yang harus dihadapi setiap hari, ia menderita kesehatan yang buruk hampir sepanjang sisa hidupnya.Calvin menderita banyak penyakit, beberapa sangat serius dan menyakitkan. Penyakit-penyakit ini membuat hidupnya sangat susah. Contohnya Tuberkulosis mengakibatkan sakit di dada yang luar biasa dan membuat batuk darah.

Sebelum kematiannya ia begitu lemah. Sehingga eman-teman Calvin sering khawatir akan kesehatannya. Karena kesehatannya makin memburuk, teman-temannya menyarankan agar ia seharusnya berhenti bekerja dan beristirahat saja. Ide tersebut terdengar sangat aneh bagi Calvin, yang menjawab, “Apa? Kamu mau Tuhan menemukan saya menganggur ketika Dia datang?

Calvin meninggal dengan damai pada petang hari tanggal 27 Mei 1564. Usianya hampir 55 tahun. Dalam surat wasiatnya, Calvin menulis bahwa tidak ingin ada nisan yang menandai kuburnya, dan tanpa kata-kata tertulis. Dia tidak ingin kuburannya menjadi monumen. Sekarang ini, tidak seorang pun tahu di mana Calvin dikuburkan.

Calvin meninggalkan banyak tulisan mengenai Alkitab dan apa yang diajarkannya, serta teladan yang besar akan pengabdian kepada Allah dan gereja-Nya. Ia adalah orang yang pertama memberikan sebuah penjelasan yang sangat teratur mengenai apa yang dipercayai oleh para Reformator dan bagaimana gereja seharusnya dijalankan.

Ia mengajarkan bahwa setiap pekerjaan seharusnya dikerjakan sebagai suatu panggilan dari Allah, ia memberikan dorongan kepada orang-orang untuk bekerja dengan keras dan baik. Di samping itu, karena ia mengajar bahwa gereja seharusnya tidak dikuasai oleh negara, atau negara oleh gereja, ia mengilhami penyusunan konstitusi sipil. Presiden John Adams menulis, “Janganlah Jenewa dilupakan atau diremehkan. Kebebasan beragama sangatlah berutang kepadanya.”

Mintalah Allah untuk menjadikanmu seorang anak Reformasi yang sejati.